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Windows Vista のバックアップと復元センター
Windows Vista のバックアップと復元センターをあらためて試し、バックアップ前と復元後の全ファイルを比較したところ、下記の拡張子を持ったファイルなどがバックアップ対象外となっていたようだ。
asp bak bat cgi chm dll exe ini jar js jsp manifest php pl vbs wsf
ちゃんとしたバックアップツールが無いかと探したところ BunBackup が良さそうなので乗り換えた。